Keunikan Pantai Tiga Warna terletak pada gradasi warnanya yang begitu jelas. Biru tua mendominasi area laut dalam, berpadu dengan birunya toska di area perairan dangkal yang semakin dekat dengan bibir pantai. Sentuhan terakhir hadir dari warna cokelat kemerahan yang berasal dari hamparan pasir keemasan. Keindahan gradasi warna ini merupakan hasil interaksi berbagai faktor alam. Warna biru tua berasal dari kedalaman laut yang sesungguhnya. Sementara itu, birunya toska muncul akibat pantulan cahaya matahari ke dasar laut yang ditumbuhi oleh alga atau lumut laut. Tak ketinggalan, warna cokelat kemerahan pada pasir pantai terbentuk dari endapan material batuan dan terumbu karang yang terkikis selama bertahun-tahun. Untuk menyaksikan gradasi warna secara optimal, wisatawan disarankan berkunjung saat cuaca sedang cerah dan air laut surut. Ketika air pasang, gradasi warna akan sedikit tercampur sehingga tidak begitu jelas terlihat.